L’établissement est administré par un Conseil d’administration composé de 10 membres et présidé par le ministre de la santé, chargé de la prévention. C’est l’organe décisionnel de l’EPAP qui a pouvoir de validation ou pas des projets susceptibles d’être financés (arrêté n° 428 CM du 5 avril 2002 modifié).
Un Comité technique est chargé d’examiner et d’émettre un avis sur les projets de prévention soumis à l’EPAP, préalablement à leur présentation en conseil d’administration. Son rôle consiste aussi à accompagner et à évaluer les projets validés et à mobiliser toutes les compétences nécessaires. Il est composé de référents techniques ministériels désignés par chacun des ministres siégeant au conseil d’administration.
L’EPAP doit assurer sa mission dans une logique transversale mais toujours dans le respect et à l’appui des compétences dévolues aux services, établissements et autres institutions publiques : c’est pourquoi ses effectifs sont restreints à 10 personnes lesquelles doivent développer une certaine polyvalence compte tenu de l’étendue de ses domaines d’intervention mais aussi de la diversité de ses partenaires.
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